Pada awalnya Madrasah Tsanawiyah Negeri Bajubang bernama Madrasah Tsanawiyah Swasta Nurul Huda Bajubang, Madrasah Tsanawiyah tersebut didirikan pada tahun 1986 atas prakarsa organisasi muhammadiyah kelurahan Bajubang. Secara fisik bangunan Madrasah Tsanawiyah  telah didirikan pada tahun 1970, ketika itu bangunannya digunakan untuk Sekolah Teknik (ST), sehubungan pada tahun 1975 Sekolah Teknik dihapuskan maka selanjutnya bangunan itu digunakan untuk bangunan Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah karena pada waktu itu masyarakat kurang berminat, maka pada tahun 1976 Madrasah tersebut ditutup (wawancara dengan salah seorang mantan kepala Madrasah Tsanawiyah)

Pada tahun  1976 – 1979 bangunan tersebut kosong, terbengkalai dan tidak berfungsi, melihat keadaan demikian maka anggota organisasi muhammadiyah dan tokoh masyarakat lainnya berusaha untuk memfungsikan kembali gedung tersebut dan ternyata mendapat dukungan dari masyarakat dan kepala desa waktu itu.

Berdasarkan hasil musyawarah para pemuka masyarakat maka disepakati untuk membentuk Madrasah baru dengan nama Nurul Huda dengan tingkat pendidikan Madrasah Ibtidaiyah (MI) dan Madrasah Tsanawiyah (MTs), dengan membuka sekolah atau belajar masuk siang yang siswanya meminjam dari Sekolah Menengah Pertama Negeri Bajubang (wawancara dengan salah seorang mantan kepala MTs Negeri Bajubang)

Tahun 1986 barulah menjadi Madrasah Tsanawiyah yang berdiri sendiri tidak lagi meminjam siswa dari Sekolah Menengah Pertama Negeri Bajubang sehingga waktu belajarnya pindah menjadi pagi hari, karena telah mendapat piagam dengan status terdaftar yang dikeluarkan oleh Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi Jambi Nomor : 08/02-E2/PD/83, tanggal 29 oktober 1983.

Tahun 1994 untuk pertama kalinya Madrasah Tsanawiyah Swasta Nurul Huda Bajubang mendapat bantuan dari Kantor Departemen Agama berbentuk kepala Madrasah Tsanawiyah Devenitif yaitu : Drs.Jamrizal atas usul beliau bersama majelis guru serta dibantu oleh Kepala Kelurahan Bajubang, tokoh masyarakat dan tokoh agama, pada tahun 1995 bersepakat untuk mengusulkan Madrasah Tsanawiyah Nurul Huda Bajubang untuk dijadikan Madrasah Tsanawiyah Negeri Bajubang dengan pertimbangan agar di Bajubang berdiri lembaga pendidikan agama islam yang memadai dan dapat menjadi kebanggaan masyarakat kelurahan Bajubang. Atas usaha tersebut maka akhirnya pada tahun 1997 usul tersebut disetujui oleh Menteri Agama Republik Indonesia dengan SK Penegrian Nomor : 107 tahun 1997, tanggal 17 maret 1997

Adapun pimpinan yang menjabat sebagai kepala sekolah mulai didirikan sampai sekarang telah mengalami beberapa pergantian yaitu seperti terlihat pada table di bawah ini.

Nama Kepala Sekolah Dari Tahun 1986 s/d 2019

Pada saat kepala Madrasah Tsanawiyah di jabat oleh Drs. Ali Permadi MTs Negeri Bajubang mengalami kemajuan, di tandai dengan pada tahun 2007 MTs Negeri Bajubang mendapat dana BOOM dari Pemerintah Pusat dan dana ini digunakan untuk meningkatkan mutu pendidikan serta para guru juga dibina  dengan diadakannya workrshop tentang kurikulum KTSP kepada guru-guru Madrasah Tsanawiyah Negeri Bajubang serta Madrasah Tsanawiyah Swasta yang menginduk dibawahnya dan juga didirikannya Perpustakaan serta Laboratorium yang kini telah siap pakai.Pada tahun pembelajaran 2007 / 2008 Madrasah Tsanawiyah Negeri Bajubang berjumlah 135 orang yang terbagi dalam 6 kelas yaitu kelas VII terdiri dari 2 kelas, kelas VIII terdiri dari dua kelas dan kelas IX juga terdiri dari dua kelas.

Pada masa Kepemimpinan Mukhtar.S.Ag.M.Pd dari tahun 2010 s/d 2019 prestasi Madrasah juga meningkat baik Pendidikan maupun Kesehatan Sekolah yang pada tahun 2018 mendapat Predikat  terbaik ke 6 dalam Lomba Sekolah Sehat (LSS) tingkat Nasional.

Secara geografis Madrasah Tsanawiyah Negeri Bajubang terletak di Kelurahan Bajubang tepatnya di Rt.03 dan Rw.01 yang lokasi gedungnya berbatasan dengan :

• Sebelah timur berbatasan dengan rumah masyarakat
• Sebelah barat berbatasan dengan Kantor Urusan Agama Bajubang dan gedung SD Negeri 54 / I Bajubang
• Sebelah utara berbatasan dengan kebun masyarakat
• Sebelah selatan berbatasan dengan jalan raya yang menghubungkan Kelurahan Bajubang dengan desa NES

Madrasah Tsanawiyah Negeri Bajubang memiliki luas tanah yaitu ± 10.192 m² dan sekarang telah di revisi sesuai sertifikat Hak Pakai dari Badan Pertanahan Nasional Republik Indonesia Nomor 05 dengan daftar isian 307 No. 14819/2013 dan daftar isian 208 No. 7799/2013 tanggal 13 November 2013 menjadi ± 9.380m² yang telah dipagar parmanen, serta luas bangunan ± 936 m², dengan luas halaman / taman  ± 6.220 m², lapangan olah raga seluas ± 162 m² , kebun  ± 100 m², dan lain-lain ± 2.774 m²

Bila dilihat dari jarak antara Provinsi, kabupaten dan kecamatan dalam bentuk Ibukotanya maka jaraknya sebagai berikut :

• Jarak dari Ibukota Provinsi ± 50 km
• Jarak dari Ibukota Kabupaten ± 17 km
• Jarak dari Ibukota Kecamatan ± 1 km

Alur lalu lintasnya bias dilewati dari 2 jalur , baik dari jalur melalui jambi ke Muara Bulian, Bulian ke Bajubang maupun jalur Jambi ke Tempino, Tempino Ke Bajubang.